Laboratorio de Genómica Integrativa y Epidemiología Molecular de Enfermedades Crónico-Degenerativas e Infecciosas

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Ubicación:Unidad de Investigación en Biomedicina y Laboratorio Nacional en Salud: Diagnóstico Molecular y Efecto Ambiental en Enfermedades Crónico Degenerativas (edificio A4)
Teléfono:56231333 ext. 39788
Responsable del Laboratorio:Dr. Felipe Vaca Paniagua
Profesor Titular A de TC
felipe.vaca@iztacala.unam.mx
Académicos incorporados al laboratorio:
Técnicos académicos incorporados al laboratorio:Dra. Clara Estela Díaz Velásquez
cdiazvelasquez@aol.com

Dr. Aldo Hugo de la Cruz Montoya
audelacm@gmail.com
Líneas principales de los académicos incorporados:Genómica integrativa, susceptibilidad y biología molecular del cáncer.

Genética del cáncer de mama y ovario hereditario.

Detección y caracterización avanzada no invasiva de neoplasias sólidas y líquidas a nivel molecular.

Genómica microbiana de especies clínicas.

Objetivo: la investigación de enfermedades crónicas degenerativas e infecciosas desde un enfoque genómico, integral e interdisciplinario. Tenemos cuatro ejes fundamentales:

La epidemiología molecular del cáncer de mama y ovario hereditario en poblaciones de México, Argentina, Guatemala, Perú y Colombia. Analizamos la interacción de factores de riesgo, características clínicas y de morbi-mortalidad, junto con determinantes moleculares y genómicas para el establecimiento y priorización de variables con valor diagnóstico, pronóstico y predictivo. Este esfuerzo tiene un impacto profundo en la atención y prevención de esta enfermedad, un retorno social que se refleja en mejores posibilidades de sobrevivencia de estas pacientes y sus familias.

La caracterización genómica integral de patologías tumorales benignas y malignas considerando sus variables de presentación clínica y clasificación histopatológica, para promover el desarrollo de esquemas modernos de medicina de precisión. Consideramos la interacción de alteraciones moleculares, genómicas, de expresión y epigenéticas para identificar marcadores moleculares compuestos.

El análisis genómico de enfermedades infecciosas para la caracterización de la composición de comunidades microbianas, determinantes de patogenicidad, interacción ecológica entre especies patógenas, así como la implicación de características clínico-epidemiológicas y moleculares en la enfermedad.

La participar en la integración de grupos interdisciplinarios de investigación. Colaborando con psicólogos, oncólogos, cirujanos, patólogos, epidemiólogos, biólogos, genetistas, matemáticos, bioinformáticos, inmunólogos, odontólogos, parasitólogos y virólogos participamos en consorcios internacionales de investigación. Este ecosistema de investigación de la salud es pilar de nuestro trabajo, y favorece el intercambio académico para el fortalecimiento de la experiencia científica de nuestra facultad.

Couraud, S., Vaca-Paniagua, F., Villar, S., Oliver, J., Schuster, T., & Blanche, H. et al. (2014). Noninvasive Diagnosis of Actionable Mutations by Deep Sequencing of Circulating Free DNA in Lung Cancer from Never-Smokers: A Proof-of-Concept Study from BioCAST/IFCT-1002. Clinical Cancer Research, 20(17), 4613-4624. doi: 10.1158/1078-0432.ccr-13-3063

Oliver, J., Quezada Urban, R., Franco Cortés, C., Díaz Velásquez, C., Montealegre Paez, A., & Pacheco-Orozco, R. et al. (2019). Latin American Study of Hereditary Breast and Ovarian Cancer LACAM: A Genomic Epidemiology Approach. Frontiers In Oncology, 9. doi: 10.3389/fonc.2019.01429

Quezada Urban, R., Díaz Velásquez, C., Gitler, R., Rojo Castillo, M., Sirota Toporek, M., & Figueroa Morales, A. et al. (2018). Comprehensive Analysis of Germline Variants in Mexican Patients with Hereditary Breast and Ovarian Cancer Susceptibility. Cancers, 10(10), 361. doi: 10.3390/cancers10100361

Vaca-Paniagua, F., Alvarez-Gomez, R., Maldonado-Martínez, H., Pérez-Plasencia, C., Fragoso-Ontiveros, V., & Lasa-Gonsebatt, F. et al. (2015). Revealing the Molecular Portrait of Triple Negative Breast Tumors in an Understudied Population through Omics Analysis of Formalin-Fixed and Paraffin-Embedded Tissues. PLOS ONE, 10(5), e0126762. doi: 10.1371/journal.pone.0126762

Vaca-Paniagua, F., Oliver, J., da Costa, A., Merle, P., McKay, J., Herceg, Z., & Holmila, R. (2015). Targeted deep DNA methylation analysis of circulating cell-free DNA in plasma using massively parallel semiconductor sequencing. Epigenomics, 7(3), 353-362. doi: 10.2217/epi.14.94

Perfil de ingreso de potenciales tesistas:Estudiantes de las carreras afines a las áreas biología, medicina, químico-farmacéutico-biólogo, bioinformática, informática, genómica y salud.
Datos de Servicio Social:Análisis molecular y fenotípico de procesos oncogénicos y sensibilidad a fármacos en pacientes y en modelos in vitro e in vivo de cáncer e identificación de moléculas con potencial biomarcador cáncer.

Clave de registro: 2020-12/63-74

Actividades: realización de experimentos de biología molecular y biología celular, análisis bioinformáticos sobre genómica, análisis de firmas moleculares, análisis de firmas mutacionales de tumores malignos y benignos.